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Nichtamtliches Inhaltsverzeichnis

Verordnung zum Verfahren in Patentsachen vor dem Deutschen Patent- und Markenamt (Patentverordnung - PatV)
Anlage 1 (zu § 11 Abs. 1 Satz 2)
Standards für die Einreichung von Sequenzprotokollen

(Fundstelle: BGBl. I 2003, 1708 - 1725;
bzgl. der einzelnen Änderungen vgl. Fußnote)
Definitionen
1.
Im Rahmen dieses Standard gelten folgende Definitionen:
i)
Unter einem "Sequenzprotokoll" ist ein Teil der Beschreibung der Anmeldung in der eingereichten Fassung oder ein zur Anmeldung nachgereichtes Schriftstück zu verstehen, das die Nucleotid- und/oder Aminosäuresequenzen im Einzelnen offenbart und sonstige verfügbare Angaben enthält.
ii)
In das Protokoll dürfen nur unverzweigte Sequenzen von mindestens 4 Aminosäuren bzw. unverzweigte Sequenzen von mindestens 10 Nucleotiden aufgenommen werden. Verzweigte Sequenzen, Sequenzen mit weniger als 4 genau definierten Nucleotiden oder Aminosäuren sowie Sequenzen mit Nucleotiden oder Aminosäuren, die nicht in Nr. 48, Tabellen 1, 2, 3 und 4 aufgeführt sind, sind ausdrücklich ausgenommen.
iii)
Unter "Nucleotiden" sind nur Nucleotide zu verstehen, die mittels der in Nr. 48, Tabelle 1 aufgeführten Symbole wiedergegeben werden können. Modifikationen wie z. B. methylierte Basen können nach der Anleitung in Nr. 48, Tabelle 2 beschrieben werden, sind aber in der Nucleotidsequenz nicht explizit auszuweisen.
iv)
Unter "Aminosäuren" sind die in Nr. 48, Tabelle 3 aufgeführten gängigen L-Aminosäuren aus den natürlich vorkommenden Proteinen zu verstehen. Aminosäuresequenzen, die mindestens eine D-Aminosäure enthalten, fallen nicht unter diese Definition. Aminosäuresequenzen, die posttranslational modifizierte Aminosäuren enthalten, können mittels der in Nr. 48, Tabelle 3 aufgeführten Symbole wie die ursprünglich translatierte Aminosäure beschrieben werden, wobei die modifizierten Positionen wie z. B. Hydroxylierungen oder Glykosylierungen nach der Anleitung in Nr. 48, Tabelle 4 beschrieben werden, diese Modifikationen aber in der Aminosäuresequenz nicht explizit auszuweisen sind. Unter die vorstehende Definition fallen auch Peptide oder Proteine, die anhand der in Nr. 48, Tabelle 3 aufgeführten Symbole sowie einer an anderer Stelle aufgenommenen Beschreibung, die beispielsweise Aufschluss über ungewöhnliche Bindungen, Quervernetzungen (z. B. Disulfidbrücken) und "end caps", Nicht Peptidbindungen usw. gibt, als Sequenz wiedergegeben werden können.
v)
Unter "Sequenzkennzahl" ist eine Zahl zu verstehen, die jeder im Protokoll aufgeführten Sequenz als SEQ ID NO zugewiesen wird.
vi)
Die "numerische Kennzahl" ist eine dreistellige Zahl, die für ein bestimmtes Datenelement steht.
vii)
Unter "sprachneutralem Vokabular" ist ein festes Vokabular zu verstehen, das im Sequenzprotokoll zur Wiedergabe der vom Hersteller einer Sequenzdatenbank vorgeschriebenen wissenschaftlichen Begriffe verwendet wird (dazu gehören wissenschaftliche Namen, nähere Bestimmungen und ihre Entsprechungen im festen Vokabular, die Symbole in Nr. 48, Tabellen 1, 2, 3 und 4 und die Merkmalschlüssel in Nr. 48, Tabellen 5 und 6).
viii)
Unter "zuständiger Behörde" ist die Internationale Recherchenbehörde oder die mit der internationalen vorläufigen Prüfung beauftragte Behörde, die die internationale Recherche bzw. die internationale vorläufige Prüfung zu der internationalen Anmeldung durchführt, oder das Bestimmungsamt bzw. ausgewählte Amt zu verstehen, das mit der Bearbeitung der internationalen Anmeldung begonnen hat.
Sequenzprotokoll
2.
Das Sequenzprotokoll im Sinne der Nr. 1 i) ist ans Ende der Anmeldung zu setzen, wenn es mit ihr zusammen eingereicht wird. Dieser Teil ist mit "Sequenzprotokoll" oder "Sequence Listing" zu überschreiben, muss mit einer neuen Seite beginnen und sollte gesondert nummeriert werden. Das Sequenzprotokoll ist Bestandteil der Beschreibung; vorbehaltlich Nr. 35 erübrigt es sich deshalb, die Sequenzen in der Beschreibung an anderer Stelle nochmals zu beschreiben.
3.
Wird das Sequenzprotokoll im Sinne der Nr. 1 i) nicht zusammen mit der Anmeldung eingereicht, sondern als gesondertes Schriftstück nachgereicht (siehe Nr. 36), so ist es mit der Überschrift "Sequenzprotokoll" oder "Sequence Listing" und einer gesonderten Seitennummerierung zu versehen. Die in der Anmeldung in der eingereichten Fassung gewählte Nummerierung der Sequenzen (siehe Nr. 4) ist auch im nachgereichten Sequenzprotokoll beizubehalten.
4.
Jeder Sequenz wird eine eigene Sequenzkennzahl zugeteilt. Die Kennzahlen beginnen mit 1 und setzen sich in aufsteigender Reihenfolge als ganze Zahlen fort. Gibt es zu einer Kennzahl keine Sequenz, so ist am Anfang der auf die SEQ ID NO folgenden Zeile unter der numerischen Kennzahl 400 der Code 000 anzugeben. Unter der numerischen Kennzahl 160 ist die Gesamtzahl der SEQ ID NOs anzugeben, und zwar unabhängig davon, ob im Anschluss an eine SEQ ID NO eine Sequenzkennzahl oder der Code 000 folgt.
5.
In der Beschreibung, in den Ansprüchen und in den Zeichnungen der Anmeldung ist auf die im Sequenzprotokoll dargestellten Sequenzen mit "SEQ ID NO", gefolgt von der betreffenden Kennzahl zu verweisen.
6.
Für die Darstellung von Nucleotid- und Aminosäuresequenzen ist zumindest eine der folgenden drei Möglichkeiten zu wählen:
i)
nur Nucleotidsequenz,
ii)
nur Aminosäuresequenz,
iii)
Nucleotidsequenz zusammen mit der entsprechenden Aminosäuresequenz.
Bei einer Offenbarung im unter Ziffer iii) genannten Format muss die Aminosäuresequenz als solche im Sequenzprotokoll mit einer eigenen Sequenzkennzahl gesondert offenbart werden.
Nucleotidsequenzen
Zu verwendende Symbole
7.
Nucleotidsequenzen sind nur anhand eines Einzelstrangs in Richtung vom 5'-Ende zum 3'-Ende von links nach rechts wiederzugeben. Die Begriffe 3' und 5' werden in der Sequenz nicht dargestellt.
8.
Die Basen einer Nucleotidsequenz sind anhand der einbuchstabigen Codes für Nucleotidsequenzzeichen darzustellen. Es dürfen nur die in Nr. 48, Tabelle 1 aufgeführten Kleinbuchstaben verwendet werden.
9.
Modifizierte Basen sind in der Sequenz selbst wie die entsprechenden unmodifizierten Basen oder mit "n" wiederzugeben, wenn die modifizierte Base zu den in Nr. 48, Tabelle 2 aufgeführten gehört; die Modifikation ist im Merkmalsteil des Sequenzprotokolls anhand der Codes in Nr. 48, Tabelle 2 näher zu beschreiben. Diese Codes dürfen in der Beschreibung oder im Merkmalsteil des Sequenzprotokolls, nicht jedoch in der Sequenz selbst verwendet werden (siehe auch Nr. 31). Das Symbol "n" steht immer nur für ein einziges unbekanntes oder modifiziertes Nucleotid.
Zu verwendendes Format
10.
Bei Nucleotidsequenzen sind höchstens 60 Basen pro Zeile - mit einem Leerraum zwischen jeder Gruppe von 10 Basen - aufzuführen.
11.
Die Basen einer Nucleotidsequenz (einschließlich Intronen) sind jeweils in Zehnergruppen aufzuführen; dies gilt nicht für die codierenden Teile der Sequenz. Bleiben am Ende nichtcodierender Teile einer Sequenz weniger als 10 Basen übrig, so sind sie zu einer Gruppe zusammenzufassen und durch einen Leerraum von angrenzenden Gruppen zu trennen.
12.
Die Basen der codierenden Teile einer Nucleotidsequenz sind als Tripletts (Codonen) aufzuführen.
13.
Die Zählung der Nucleotidbasen beginnt bei der ersten Base der Sequenz mit 1. Von hier aus ist die gesamte Sequenz in 5'-3'-Richtung fortlaufend durchzuzählen. Am rechten Rand ist jeweils neben der Zeile mit den einbuchstabigen Codes für die Basen die Nummer der letzten Base dieser Zeile anzugeben. Die vorstehend beschriebene Zählweise für Nucleotidsequenzen gilt auch für Nucleotidsequenzen mit ringförmiger Konfiguration, wobei allerdings die Bestimmung des ersten Nucleotids der Sequenz dem Anmelder überlassen bleibt.
14.
Eine Nucleotidsequenz, die aus einem oder mehreren nichtbenachbarten Abschnitten einer größeren Sequenz oder aus Abschnitten verschiedener Sequenzen besteht, ist als gesonderte Sequenz mit eigener Sequenzkennzahl zu nummerieren. Sequenzen mit einer oder mehreren Lücken sind als mehrere gesonderte Sequenzen mit eigenen Sequenzkennzahlen zu nummerieren, wobei die Zahl der gesonderten Sequenzen der Zahl der jeweils zusammenhängenden Sequenzdatenreihen entspricht.
Aminosäuresequenzen
Zu verwendende Symbole
15.
Die Aminosäuren einer Protein- oder Peptidsequenz sind in Richtung von der Amino- zur Carboxylgruppe von links nach rechts aufzuführen, wobei die Amino- und Carboxylgruppen in der Sequenz nicht darzustellen sind.
16.
Die Aminosäuren sind anhand des dreibuchstabigen Codes mit großem Anfangsbuchstaben entsprechend der Liste in Nr. 48, Tabelle 3 darzustellen. Eine Aminosäuresequenz, die einen Leerraum oder interne Terminatorsymbole (z. B. "Ter", "*" oder ".") enthält, ist nicht als einzige Aminosäuresequenz, sondern als getrennte Aminosäuresequenzen darzustellen (siehe Nr. 21).
17.
Modifizierte und seltene Aminosäuren sind in der Sequenz selbst wie die entsprechenden unmodifizierten Aminosäuren oder mit "Xaa" wiederzugeben, wenn sie zu den in Nr. 48, Tabelle 4 aufgeführten gehören und die Modifikation im Merkmalsteil des Sequenzprotokolls anhand der Codes in Nr. 48, Tabelle 4 näher beschrieben wird. Diese Codes dürfen in der Beschreibung oder im Merkmalsteil des Sequenzprotokolls, nicht jedoch in der Sequenz selbst verwendet werden (siehe auch Nr. 31). Das Symbol "Xaa" steht immer nur für eine einzige unbekannte oder modifizierte Aminosäure.
Zu verwendendes Format
18.
Bei Protein- oder Peptidsequenzen sind höchstens 16 Aminosäuren pro Zeile mit einem Leerraum zwischen den einzelnen Aminosäuren aufzuführen.
19.
Die den Codonen der codierenden Teile einer Nucleotidsequenz entsprechenden Aminosäuren sind unmittelbar unter den jeweiligen Codonen anzugeben. Wird ein Codon durch ein Intron aufgespalten, so ist das Aminosäuresymbol unter dem Teil des Codons anzugeben, der zwei Nucleotide enthält.
20.
Die Zählung der Aminosäuren beginnt bei der ersten Aminosäure der Sequenz mit 1. Fakultativ können die dem reifen Protein vorausgehenden Aminosäuren wie beispielsweise Präsequenzen, Prosequenzen, Präprosequenzen und Signalsequenzen, soweit vorhanden, mit negativem Vorzeichen nummeriert werden, wobei die Rückwärtszählung mit der Aminosäure vor Nummer 1 beginnt. Null (0) wird nicht verwendet, wenn Aminosäuren zur Abgrenzung gegen das reife Protein mit negativem Vorzeichen nummeriert werden. Die Nummern sind im Abstand von jeweils 5 Aminosäuren unter der Sequenz anzugeben. Die vorstehend beschriebene Zählweise für Aminosäuresequenzen gilt auch für Aminosäuresequenzen mit ringförmiger Konfiguration, wobei allerdings die Bestimmung der ersten Aminosäure der Sequenz dem Anmelder überlassen bleibt.
21.
Eine Aminosäuresequenz, die aus einem oder mehreren nichtbenachbarten Abschnitten einer größeren Sequenz oder aus Abschnitten verschiedener Sequenzen besteht, ist als gesonderte Sequenz mit eigener Sequenzkennzahl zu nummerieren. Sequenzen mit einer oder mehreren Lücken sind als mehrere gesonderte Sequenzen mit eigenen Sequenzkennzahlen zu nummerieren, wobei die Zahl der gesonderten Sequenzen der Zahl der jeweils zusammenhängenden Sequenzdatenreihen entspricht.
Sonstige verfügbare Angaben im Sequenzprotokoll
22.
Die Angaben sind im Sequenzprotokoll in der Reihenfolge anzugeben, in der sie in der Liste der numerischen Kennzahlen der Datenelemente in Nr. 47 aufgeführt sind.
23.
Für die Angaben im Sequenzprotokoll sind nur die in Nr. 47 aufgeführten numerischen Kennzahlen, nicht aber die dazugehörigen Beschreibungen zu verwenden. Die Angaben müssen unmittelbar auf die numerische Kennzahl folgen; im Sequenzprotokoll brauchen nur diejenigen numerischen Kennzahlen angegeben zu werden, zu denen auch Angaben vorliegen. Die einzigen beiden Ausnahmen zu dieser Vorschrift bilden die numerischen Kennzahlen 220 und 300, die für die Rubrik "Merkmal" bzw. "Veröffentlichungsangaben" stehen und mit den Angaben unter den numerischen Kennzahlen 221 bis 223 bzw. 301 bis 313 zusammenhängen. Werden unter diesen numerischen Kennzahlen im Sequenzprotokoll Angaben zu den Merkmalen oder zur Veröffentlichung gemacht, so sollte auch die numerische Kennzahl 220 bzw. 300 aufgeführt, die dazugehörige Rubrik aber nicht ausgefüllt werden. Generell sollte zwischen den numerischen Kennzahlen eine Leerzeile eingefügt werden, wenn sich die an erster oder zweiter Position der numerischen Kennzahl stehende Ziffer ändert. Eine Ausnahme von dieser allgemeinen Regel bildet die numerische Kennzahl 310, der keine Leerzeile vorausgehen darf. Auch vor jeder Wiederholung der numerischen Kennzahl ist eine Leerzeile einzufügen.
Obligatorische Datenelemente
24.
In das Sequenzprotokoll sind außerdem vor der eigentlichen Nucleotid- und/oder Aminosäuresequenz die folgenden in Nr. 47 definierten Angaben (obligatorische Datenelemente) aufzunehmen:
<110>Name des Anmelders
<120>Bezeichnung der Erfindung
<160>Anzahl der SEQ ID NOs
<210>SEQ ID NO:x
<211>Länge
<212>Art
<213>Organismus
<400>Sequenz
 
Ist der Name des Anmelders (numerische Kennzahl 110) nicht in Buchstaben des lateinischen Alphabets geschrieben, so ist er - im Wege der Transliteration oder der Übersetzung ins Englische - auch in lateinischen Buchstaben anzugeben.
Die Datenelemente mit Ausnahme der Angaben unter den numerischen Kennzahlen 110, 120 und 160 sind für jede im Sequenzprotokoll aufgeführte Sequenz zu wiederholen. Gibt es zu einer Sequenzkennzahl keine Sequenz, so müssen nur die Datenelemente unter den numerischen Kennzahlen 210 und 400 angegeben werden (siehe Nr. 4 und SEQ ID NO:4 in dem am Ende dieses Standards enthaltenen Beispiel).
25.
In Sequenzprotokolle, die zusammen mit der dazugehörigen Anmeldung oder vor Vergabe einer Anmeldenummer eingereicht werden, ist neben den unter Nr. 24 genannten Datenelementen auch das Folgende aufzunehmen:

<130>Bezugsnummer
26.
In Sequenzprotokolle, die auf Aufforderung einer zuständigen Behörde oder nach Vergabe einer Anmeldenummer eingereicht werden, sind neben den unter Nr. 24 genannten Datenelementen auch die Folgenden aufzunehmen:

<140>Vorliegende Patentanmeldung
<141>Anmeldetag der vorliegenden Anmeldung
27.
In Sequenzprotokolle, die zu einer Anmeldung eingereicht werden, die die Priorität einer früheren Anmeldung in Anspruch nimmt, sind neben den unter Nr. 24 genannten Datenelementen auch die Folgenden aufzunehmen:

<150>Frühere Patentanmeldung
<151>Anmeldetag der früheren Anmeldung
28.
Wird in der Sequenz "n", "Xaa" oder eine modifizierte Base oder modifizierte/seltene L-Aminosäure aufgeführt, so müssen die folgenden Datenelemente angegeben werden:

<220>Merkmal
<221>Name/Schlüssel
<222>Lage
<223>Sonstige Informationen
29.
Ist der Organismus (numerische Kennzahl 213 eine "künstliche Sequenz" oder "unbekannt", so müssen die folgenden Datenelemente angegeben werden:

<220>Merkmal
<223>Sonstige Angaben
Fakultative Datenelemente
30.
Alle in Nr. 47 definierten Datenelemente, die unter Nr. 24 bis 29 nicht erwähnt sind, sind fakultativ (fakultative Datenelemente).
Angabe von Merkmalen
31.
Merkmale, die (unter der numerischen Kennzahl 220) zu einer Sequenz angegeben werden, sind durch die in Nr. 48, Tabellen 5 und 6 1) aufgeführten "Merkmalschlüssel" zu beschreiben.
-----
1)
Diese Tabellen enthalten Auszüge aus den Merkmalstabellen "DDBJ/EMBL/Genbank Feature Table" (Nucleotidsequenzen) und "SWISS PROT Feature Table" (Aminosäuresequenzen).
Freier Text
32.
Unter "freiem Text" ist eine verbale Beschreibung der Eigenschaften der Sequenz ohne Verwendung des sprachneutralen Vokabulars im Sinne der Nr. 1 vii) unter der numerischen Kennzahl 223 (Sonstige Angaben) zu verstehen.
33.
Der freie Text sollte sich auf einige kurze, für das Verständnis der Sequenz unbedingt notwendige Begriffe beschränken. Er sollte für jedes Datenelement nicht länger als 4 Zeilen sein und höchstens 65 Buchstaben pro Zeile umfassen. Alle weiteren Angaben sind in den Hauptteil der Beschreibung in der dort verwendeten Sprache aufzunehmen.
34.
Freier Text kann in deutscher oder in englischer Sprache abgefasst sein.
35.
Enthält das Sequenzprotokoll, das Bestandteil der Beschreibung ist, freien Text, so ist dieser im Hauptteil der Beschreibung in der dort verwendeten Sprache zu wiederholen. Es wird empfohlen, den in der Sprache des Hauptteils der Beschreibung abgefassten freien Text in einen besonderen Abschnitt der Beschreibung mit der Überschrift "Sequenzprotokoll - freier Text" aufzunehmen.
Nachgereichtes Sequenzprotokoll
36.
Ein Sequenzprotokoll, das nicht Teil der eingereichten Anmeldung war, sondern nachträglich eingereicht wurde, darf nicht über den Offenbarungsgehalt der in der Anmeldung angegebenen Sequenzen hinausgehen. Dem nachgereichten Sequenzprotokoll muss eine Erklärung, die dies bestätigt, beigefügt sein. Das heißt, dass ein Sequenzprotokoll, das nachträglich eingereicht wurde, nur die Sequenzen beinhalten darf, die auch in der eingereichten Anmeldung aufgeführt sind.
37.
Sequenzprotokolle, die nicht zusammen mit der Anmeldung eingereicht worden sind, sind nicht Teil der Offenbarung der Erfindung. Gemäß § 11 Abs. 3 besteht die Möglichkeit, Sequenzprotokolle, die zusammen mit der Anmeldung eingereicht wurden, im Wege der Mängelbeseitigung zu berichtigen.
Sequenzprotokoll in maschinenlesbarer Form
38.
Das in der Anmeldung enthaltene Sequenzprotokoll ist zusätzlich auch in maschinenlesbarer Form einzureichen.
39.
Das zusätzlich eingereichte maschinenlesbare Sequenzprotokoll muss mit dem geschriebenen Protokoll identisch sein und ist zusammen mit einer Erklärung folgenden Wortlauts einzureichen: "Die in maschinenlesbarer Form aufgezeichneten Angaben sind mit dem geschriebenen Sequenzprotokoll identisch."
40.
Das gesamte ausdruckbare Exemplar des Sequenzprotokolls muss in einer einzigen Datei enthalten sein, die nach Möglichkeit auf einer einzigen Diskette oder einem sonstigen vom Deutschen Patent- und Markenamt akzeptierten elektronischen Datenträger aufgezeichnet sein soll. Diese Datei ist mittels der IBM 2)-Codetabellen (Code Page) 437, 932 3) oder einer kompatiblen Codetabelle zu codieren. Eine Codetabelle, wie sie z. B. für japanische, chinesische, kyrillische, arabische, griechische oder hebräische Schriftzeichen benötigt wird, gilt als kompatibel, wenn sie das lateinische Alphabet und die arabischen Ziffern denselben Hexadezimalpositionen zuordnet, wie die genannten Codetabellen.
-----
2)
IBM ist eine für die International Business Machine Corporation, Vereinigte Staaten von Amerika, eingetragene Marke.
3)
Die genannten Codetabellen gelten für Personal Computer als de facto Standard.
41.
Folgende Medientypen und Formatierungen für zusätzlich in maschinenlesbarer Form eingereichte Sequenzprotokolle werden akzeptiert:

Physikalisches MediumTypFormatierung
CD-R120 mm Recordable DiskISO 9660
DVD-R120 mm DVD-Recordable Disk (4,7 GB)konform zu ISO 9660 oder OSTA UDF (1.02 oder höher)
DVD+R120 mm DVD-Recordable Disk (4,7 GB)konform zu ISO 9660 oder OSTA UDF (1.02 oder höher)
42.
Die maschinenlesbare Fassung kann mit beliebigen Mitteln erstellt werden. Sie muss aber den vom Deutschen Patent- und Markenamt angegebenen Formaten entsprechen. Vorzugsweise sollte zum Erstellen eine dafür vorgesehene spezielle Software, wie z. B. Patentin verwendet werden.
43.
Bei Verwendung von physikalischen Datenträgern ist eine Datenkompression erlaubt, sofern die komprimierte Datei in einem selbstextrahierenden Format erstellt worden ist, das sich auf einem vom Deutschen Patent- und Markenamt angegebenen Betriebssystem (MS Windows) selbst dekomprimiert. Ebenso können inhaltlich zusammengehörige Dateien in einem sich nicht selbstextrahierenden Format komprimiert sein, wenn die Archivdatei im Zip-Format der Version vom 13. Juli 1998 vorliegt und weder andere Zip-Archive oder eine Verzeichnisstruktur beinhaltet.
44.
Auf dem physikalischen Datenträger ist ein Etikett fest anzubringen, auf dem von Hand oder mit der Maschine in Blockschrift der Name des Anmelders, die Bezeichnung der Erfindung, eine Bezugsnummer, der Zeitpunkt der Aufzeichnung der Daten und das Computerbetriebssystem eingetragen sind.
45.
Wird der physikalische Datenträger erst nach dem Tag der Anmeldung eingereicht, so sind auf den Etiketten auch der Anmeldetag und die Anmeldenummer anzugeben. Korrekturen oder Änderungen zum Sequenzprotokoll sind sowohl schriftlich als auch in maschinenlesbarer Form einzureichen.
46.
Jede Korrektur der ausgedruckten Version des Sequenzprotokolls, die auf Grund der PCT Regel 13ter.1(a)(i) oder 26.3 eingereicht, jede Verbesserung eines offensichtlichen Fehlers in der ausgedruckten Version, die auf Basis der PCT Regel 91 eingereicht und jeder Zusatz, der nach Artikel 34 PCT in die ausgedruckte Version des Sequenzprotokolls eingebunden wurde, muss zusätzlich in einer verbesserten und mit den Zusätzen versehenen Version des Sequenzprotokolls in maschinenlesbarer Form eingereicht werden.
47.
Numerische Kennzahlen
In Sequenzprotokollen, die zu Anmeldungen eingereicht werden, dürfen nur die nachstehenden numerischen Kennzahlen verwendet werden. Die Überschriften der nachstehenden Datenelementrubriken dürfen in den Sequenzprotokollen nicht erscheinen. Die numerischen Kennzahlen der obligatorischen Datenelemente, d. h. der Datenelemente, die in alle Sequenzprotokolle aufgenommen werden müssen (siehe Nr. 24 dieses Standards: Kennziffern 110, 120, 160, 210, 211, 212, 213 und 400), und die numerischen Kennzahlen der Datenelemente, die in den in diesem Standard genannten Fällen aufgenommen werden müssen (siehe Nr. 25, 26, 27, 28 und 29 dieses Standards: Kennzahlen 130, 140, 141, 150 und 151 sowie 220 bis 223), sind mit dem Buchstaben "O" gekennzeichnet.
Die numerischen Kennzahlen der fakultativen Datenelemente (siehe Nr. 30 dieses Standards) sind mit dem Buchstaben "F" gekennzeichnet.

Zulässige numerische Kennzahlen
Numerische KennzahlNumerische Kennzahl BeschreibungObligatorisch (O) oder fakultativ (F)Bemerkungen
<110>Name des AnmeldersOIst der Name des Anmelders nicht in lateinischen Buchstaben geschrieben, so muss er
-im Wege der Transliteration oder der Übersetzung ins Englische
-auch in lateinischen Buchstaben angegeben werden
<120>Bezeichnung der ErfindungO 
<130>BezugsnummerO in den Fällen nach Nr. 25 StandardSiehe Nr. 25 Standard
<140>Vorliegende PatentanmeldungO in den Fällen nach Nr. 26 StandardSiehe Nr. 26 Standard; die vorliegende Patentanmeldung ist zu kennzeichnen durch den zweibuchstabigen Code nach dem WIPO-Standard ST.3, gefolgt von der Anmeldenummer (in dem Format, das von der Behörde für gewerblichen Rechtsschutz verwendet wird, bei der diese Patentanmeldung eingereicht wird) oder - bei internationalen Anmeldungen - von der internationalen Anmeldenummer
<141>Anmeldetag der vorliegenden AnmeldungO in den Fällen nach Nr. 26 StandardSiehe Nr. 26 Standard; das Datum ist entsprechend dem WIPO-Standard ST.2 anzugeben (CCYY MM DD)
<150>Frühere PatentanmeldungO in den Fällen nach Nr. 27 StandardSiehe Nr. 27 Standard; die frühere Patentanmeldung ist zu kennzeichnen durch den zweibuchstabigen Code entsprechend dem WIPO-Standard ST.3, gefolgt von der Anmeldenummer (in dem Format, das von der Behörde für gewerblichen Rechtsschutz verwendet wird, bei der die frühere Patentanmeldung eingereicht wurde) oder - bei internationalen Anmeldungen - von der internationalen Anmeldenummer
<151>Anmeldetag der früheren AnmeldungO in den Fällen nach Nr. 27 StandardSiehe Nr. 27 Standard; das Datum ist entsprechend dem WIPO-Standard ST.2 anzugeben (CCYY MM DD)
<160>Anzahl der SEQ ID NOsO 
<170>SoftwareF 
<210>Angaben zu SEQ ID NO:xOAnzugeben ist eine ganze Zahl, die die SEQ ID NO darstellt
<211>LängeOSequenzlänge, ausgedrückt als Anzahl der Basen oder Aminosäuren
<212>ArtOArt des in SEQ ID NO:x sequenzierten Moleküls, und zwar entweder DNA, RNA oder PRT; enthält eine Nucleotidsequenz sowohl DNA- als auch RNA-Fragmente, so ist "DNA" anzugeben; zusätzlich ist das kombinierte DNA-/RNA-Molekül im Merkmalsteil unter <220> bis <223> näher zu beschreiben
<213>OrganismusOGattung/Art (d. h. wissenschaftlicher Name), "künstliche Sequenz" oder "unbekannt"
<220>MerkmalO in den Fällen nach Nr. 28 und 29 StandardFreilassen; siehe Nr. 28 und 29 Standard; Beschreibung biologisch signifikanter Stellen in der Sequenz gemäß SEQ ID NO:x (kann je nach der Zahl der angegebenen Merkmale mehrmals vorkommen)
<221>Name/ SchlüsselO in den Fällen nach Nr. 28 StandardSiehe Nr. 28 Standard; es dürfen nur die in Nr. 48, Tabelle 5 oder 6 beschriebenen Schlüssel verwendet werden
<222>LageO in den Fällen nach Nr. 28 StandardSiehe Nr. 28 Standard;
-von (Nummer der ersten Base/Aminosäure des Merkmals)
-bis (Nummer der letzten Base/Aminosäure des Merkmals)
-Basen (Ziffern verweisen auf die Positionen der Basen in einer Nucleotidsequenz)
-Aminosäuren (Ziffern verweisen auf die Positionen der Aminosäurereste in einer Aminosäuresequenz)
-Angabe, ob sich das Merkmal auf dem zum Strang des Sequenzprotokolls komplementären Strang befindet
<223>Sonstige AngabenO in den Fällen nach Nr. 28 und 29 StandardSiehe Nr. 28 und 29 Standard; sonstige relevante Angaben, wobei sprachneutrales Vokabular oder freier Text (in deutscher oder in englischer Sprache) zu verwenden ist; freier Text ist im Hauptteil der Beschreibung in der dort verwendeten Sprache zu wiederholen (siehe Nr. 35 Standard); enthält die Sequenz eine der in Nr. 48, Tabellen 2 und 4 aufgeführten modifizierten Basen oder modifizierten/seltenen L-Aminosäuren, so ist für diese Base oder Aminosäure das dazugehörige Symbol aus Nr. 48, Tabellen 2 und 4 zu verwenden
<300>VeröffentlichungsangabenFFreilassen; dieser Abschnitt ist für jede relevante Veröffentlichung zu wiederholen
<301>VerfasserF 
<302>TitelFTitel der Veröffentlichung
<303>ZeitschriftFName der Zeitschrift, in der die Daten veröffentlicht wurden
<304>BandFBand der Zeitschrift, in dem die Daten veröffentlich wurden
<305>HeftFNummer des Hefts der Zeitschrift, in dem die Daten veröffentlicht wurden
<306>SeitenFSeiten der Zeitschrift, auf denen die Daten veröffentlicht wurden
<307>DatumFDatum der Zeitschrift, an dem die Daten veröffentlicht wurden; Angabe nach Möglichkeit entsprechend dem WIPO-Standard ST.2 (CCYY MM DD)
<308>Eingangsnummer in der DatenbankFVon der Datenbank zugeteilte Eingangsnummer einschließlich Datenbankbezeichnung
<309>Datenbank-EingabedatumFDatum der Eingabe in die Datenbank; Angabe entsprechend dem WIPO-Standard ST.2 (CCYY MM DD)
<310>DokumentennummerFNummer des Dokuments, nur bei Patentdokumenten; die vollständige Nummer hat nacheinander Folgendes zu enthalten: den zweibuchstabigen Code entsprechend dem WIPO-Standard ST.3, die Veröffentlichungsnummer entsprechend dem WIPO-Standard ST.6 und den Code für die Dokumentenart nach dem WIPO-Standard ST.16
<311>AnmeldetagFAnmeldetag des Dokuments, nur bei Patentdokumenten; Angabe entsprechend WIPO-Standard ST.2 (CCYY MM DD)
<312>VeröffentlichungsdatumFDatum der Veröffentlichung des Dokuments; nur bei Patentdokumenten; Angabe entsprechend WIPO-Standard ST.2 (CCYY MM DD)
<313>Relevante Reste in SEQ ID NO: x von bisF 
<400>SequenzOSEQ ID NO:x sollte in der der Sequenz vorausgehenden Zeile hinter der numerischen Kennzahl stehen (siehe Beispiel)
48.
Symbole für Nucleotide und Aminosäuren und Merkmalstabellen

Tabelle 1
Liste der Nucleotide
SymbolBedeutungAbleitung der Bezeichnung
aaAdenin
ggGuanin
ccCytosin
ttThymin
uuUracil
rg oder aPurin
yt/u oder cPyrimidin
ma oder cAmino
kg oder t/uKeto
sg oder cstarke Bindungen, 3 H-Brücken
wa oder t/uschwache (e: weak) Bindungen, 2 H-Brücken
bg oder c oder t/unicht a
da oder g oder t/unicht c
ha oder c oder t/unicht g
va oder g oder cnicht t, nicht u
na oder g oder c oder t/u, unbekannt oder sonstigebeliebig (e: any)
Tabelle 2
Liste der modifizierten Nucleotide
SymbolBedeutung
ac4c4-Acetylcytidin
chm5u5-(Carboxyhydroxymethyl)uridin
cm2'-O-Methylcytidin
cmnm5s2u5-Carboxymethylaminomethyl-2-thiouridin
cmnm5u5-Carboxymethylaminomethyluridin
dDihydrouridin
fm2'-O-Methylpseudouridin
gal qbeta,D-Galactosylqueuosin
gm2'-O-Methylguanosin
iInosin
i6aN6-Isopentenyladenosin
m1a1-Methyladenosin
m1f1-Methylpseudouridin
m1g1-Methylguanosin
m1i1-Methylinosin
m22g2,2-Dimethylguanosin
m2a2-Methyladenosin
m2g2-Methylguanosin
m3c3-Methylcytidin
m5c5-Methylcytidin
m6aN6-Methyladenosin
m7g7-Methylguanosin
mam5u5-Methylaminomethyluridin
mam5s2u5-Methoxyaminomethyl-2-thiouridin
man qbeta,D-Mannosylqueuosin
mcm5s2u5-Methoxycarbonylmethyl-2-thiouridin
mcm5u5-Methoxycarbonylmethyluridin
mo5u5-Methoxyuridin
ms2i6a2-Methylthio-N6-isopentenyladenosin
ms2t6aN-((9-beta-D-Ribofuranosyl-2-methylthiopurin-6-yl) carbamoyl)threonin
mt6aN-((9-beta-D-Ribofuranosylpurin-6-yl)N-methylcarbamoyl) threonin
mvUridin-5-oxyessigsäuremethylester
o5uUridin-5-oxyessigsäure(v)
osywWybutoxosin
pPseudouridin
qQueuosin
s2c2-Thiocytidin
s2t5-Methyl-2-thiouridin
s2u2-Thiouridin
s4u4-Thiouridin
t5-Methyluridin
t6aN-((9-beta-D-Ribofuranosylpurin-6-yl)carbamoyl)threonin
tm2'-O-Methyl-5-methyluridin
um2'-O-Methyluridin
ywWybutosin
x3-(3-Amino-3-carboxypropyl)uridin,(acp3)u
Tabelle 3
Liste der Aminosäuren
SymbolBedeutung
AlaAlanin
CysCystein
AspAsparaginsäure
GluGlutaminsäure
PhePhenylalanin
GlyGlycin
HisHistidin
IleIsoleucin
LysLysin
LeuLeucin
MetMethionin
AsnAsparagin
ProProlin
GlnGlutamin
ArgArginin
SerSerin
ThrThreonin
ValValin
TrpTryptophan
TyrTyrosin
AsxAsp oder Asn
GlxGlu oder Gln
XaaUnbekannt oder sonstige
Tabelle 4
Liste der modifizierten und seltenen Aminosäuren
SymbolBedeutung
Aad2-Aminoadipinsäure
bAad3-Aminoadipinsäure
bAlabeta-Alanin, beta-Aminopropionsäure
Abu2-Aminobuttersäure
4Abu4-Aminobuttersäure, Piperidinsäure
Acp6-Aminocapronsäure
Ahe2-Aminoheptansäure
Aib2-Aminoisobuttersäure
bAib3-Aminoisobuttersäure
Apm2-Aminopimelinsäure
Dbu2,4-Diaminobuttersäure
DesDesmosin
Dpm2,2'-Diaminopimelinsäure
Dpr2,3-Diaminopropionsäure
EtGlyN-Ethylglycin
EtAsnN-Ethylasparagin
HylHydroxylysin
aHylallo-Hydroxylysin
3Hyp3-Hydroxyprolin
4Hyp4-Hydroxyprolin
IdeIsodesmosin
alleallo-Isoleucin
MeGlyN-Methylglycin, Sarkosin
MelleN-Methylisoleucin
MeLys6-N-Methyllysin
MeValN-Methylvalin
NvaNorvalin
NleNorleucin
OrnOrnithin
Tabelle 5
Liste der Merkmalschlüssel zu Nucleotidsequenzen
SchlüsselBeschreibung
alleleein verwandtes Individuum oder ein verwandter Stamm enthält stabile alternative Formen desselben Gens und unterscheidet sich an dieser (und vielleicht an anderer) Stelle von der vorliegenden Sequenz
attenuator1.Region einer DNA, in der die Beendigung der Transkription reguliert wird und die Expression einiger bakterieller Operons gesteuert wird
2.zwischen dem Promotor und dem ersten Strukturgen liegender Sequenzabschnitt, der eine partielle Beendigung der Transkription bewirkt
C-regionkonstante Region der leichten und schweren Immunglobulinketten und der Alpha-, Beta- und Gamma-Ketten von T-Zell-Rezeptoren; enthält je nach Kette ein oder mehrere Exons
CAAT-signalCaat-Box; Teil einer konservierten Sequenz, der etwa 75 Basenpaare stromaufwärts vom Startpunkt der eukaryontischen Transkriptionseinheiten liegt und an der RNA-Polymerase-Bindung beteiligt sein kann; Konsensussequenz = GG (C oder T) CAATCT
CDScodierende Sequenz; Sequenz von Nucleotiden, die mit der Sequenz der Aminosäuren in einem Protein übereinstimmt (beinhaltet Stopcodon); Merkmal schließt eine mögliche Translation der Aminosäure ein
conflictunabhängige Bestimmungen "derselben" Sequenz unterscheiden sich an dieser Stelle oder in dieser Region voneinander
D-loopD-Schleife; Region innerhalb der mitochondrialen DNA, in der sich ein kürzeres RNA-Stück mit einem Strang der doppelsträngigen DNA paart und dabei den ursprünglichen Schwesterstrang in dieser Region verdrängt; dient auch zur Beschreibung der Verdrängung einer Region des einen Stranges eines DNA-Doppelstrangs durch eine einzelsträngige Nucleinsäure bei der durch ein recA-Protein ausgelösten Reaktion
D-segmentDiversity-Region der schweren Kette von Immunglobulin und der Beta-Kette eines T-Zell-Rezeptors
enhancereine als Cis-Element wirkende Sequenz, die die Aktivität (einiger) eukaryontischer Promotoren verstärkt und in beliebiger Richtung und Position zum Promotor (stromaufwärts oder -abwärts) funktioniert
exonRegion des Genoms, die für einen Teil der gespleißten mRNA codiert; kann 5'UTR, alle CDSs und 3'UTR enthalten
GC-signalGC-Box; eine konservierte, GC-reiche Region stromaufwärts vom Startpunkt der eukaryontischen Transkriptionseinheiten, die in mehreren Kopien und in beiden Richtungen vorkommen kann; Konsensussequenz = GGGCGG
genebiologisch signifikante Region, codierende Nucleinsäure
iDNAintervenierende DNA; DNA, die durch verschiedene Arten der Rekombination eliminiert wird
intronDNA-Abschnitt, der transkribiert, aber beim Zusammenspleißen der ihn umgebenden Sequenzen (Exons) aus dem Transkript wieder herausgeschnitten wird
J-segmentJ-Kette (Verbindungskette) zwischen den leichten und den schweren Immunglobulinketten und den Alpha-, Beta- und Gamma-Ketten der T-Zell-Rezeptoren
LTRlange, sich an den beiden Enden einer gegebenen Sequenz direkt wiederholende Sequenz, wie sie für Retroviren typisch ist
mat-peptidefür ein reifes Peptid oder Protein codierende Sequenz; Sequenz, die für das reife oder endgültige Peptid- oder Proteinprodukt im Anschluss an eine posttranslationale Modifizierung codiert; schließt im Gegensatz zur entsprechenden CDS das Stopcodon nicht ein
misc-bindingStelle in einer Nucleinsäure, die einen anderen Teil, der nicht durch einen anderen Bindungsschlüssel (primer-bind oder protein-bind) beschrieben werden kann, kovalent oder nicht kovalent bindet
misc-differencedie Merkmalsequenz unterscheidet sich von der im Eintrag und kann nicht durch einen anderen Unterscheidungsschlüssel (conflict, unsure, old-sequence, mutation, Variation, allele bzw. modified-base) beschrieben werden
misc-featurebiologisch signifikante Region, die nicht durch einen anderen Merkmalschlüssel beschrieben werden kann; neues oder seltenes Merkmal
misc-recombStelle, an der ein allgemeiner, ortsspezifischer oder replikativer Rekombinationsvorgang stattfindet, bei dem die DNA-Doppelhelix aufgebrochen und wieder zusammengefügt wird, und die nicht durch andere Rekombinationsschlüssel (iDNA oder Virion) oder den betreffenden Herkunftsschlüssel (/insertions-seq,/transposon,/proviral) beschrieben werden kann
misc-RNATranskript oder RNA-Produkt, das nicht durch andere RNA-Schlüssel (prim-transcript, precursor-RNA, mRNA, 5'clip, 3'clip, 5'UTR, 3'UTR, exon, CDS, sig-peptide, transit-peptide, mat-peptide, intron, polyA-site, rRNA, tRNA, scRNA oder snRNA) beschrieben werden kann
misc-signalRegion, die ein Signal enthält das die Genfunktion oder -expression steuert oder ändert, und die nicht durch andere Signalschlüssel (promoter, CAAT-signal, TATA-signal, -35-signal, -10-signal, GC-signal, RBS, polyA-signal, enhancer, attenuator, terminator oder rep-origin) beschrieben werden kann
misc-structureSekundär-, Tertiär- oder sonstige Struktur oder Konformation, die nicht durch andere Strukturschlüssel (stem-loop oder D-loop) beschrieben werden kann
modified-basedas angegebene Nucleotid ist ein modifiziertes Nucleotid und ist durch das angegebene Molekül (ausgedrückt durch die modifizierte Base) zu ersetzen
mRNAmessenger-RNA (Boten-RNA); enthält eine 5'-nichttranslatierte Region (5'UTR), codierende Sequenzen (CDS, Exon) und eine 3'-nichttranslatierte Region (3'UTR)
mutationein verwandter Stamm weist an dieser Stelle eine plötzliche, erbliche Sequenzveränderung auf
N-regionzusätzliche Nucleotide, die zwischen neu geordnete Immunglobulinabschnitte eingefügt werden
old-sequencedie vorliegende Sequenz stellt eine geänderte Version der früher an dieser Stelle befindlichen Sequenz dar
polyA-signalErkennungsregion, die zur Endonuclease-Spaltung eines RNA-Transkripts mit anschließender Polyadenylierung nötig ist; Konsensussequenz: AATAAA
polyA-siteStelle auf einem RNA-Transkript, an der durch posttranslationale Polyadenylierung Adeninreste eingefügt werden
precursor-RNAnoch nicht gereifte RNA-Spezies; kann eine am 5'-Ende abzuschneidende Region (5'Clip), eine 5'-nichttranslatierte Region (5'UTR), codierende Sequenzen (CDS, Exon), intervenierende Sequenzen (Intron), eine 3'-nichttranslatierte Region (3'UTR) und eine am 3'-Ende abzuschneidende Region (3'Clip) enthalten
prim-transcriptprimäres (ursprüngliches, nicht prozessiertes) Transkript; enthält eine am 5'-Ende abzuschneidende Region (5'Clip), eine 5'-nichttranslatierte Region (5'UTR), codierende Sequenzen (CDS, Exon), intervenierende Sequenzen (Intron), eine 3'-nichttranslatierte Region (3'UTR) und eine am 3'-Ende abzuschneidende Region (3'Clip)
primer-bindnichtkovalente Primer-Bindungsstelle für die Initiierung der Replikation, Transkription oder reversen Transkription; enthält eine oder mehrere Stellen für synthetische Elemente, z. B. PCR-Primärelemente
promoterRegion auf einem DNA-Molekül, die an der Bindung der RNA-Polymerase beteiligt ist, die die Transkription initiiert
protein-bindnichtkovalente Protein-Bindungsstelle auf der Nucleinsäure
RBSribosomale Bindungsstelle
repeat-regionGenomregion mit repetitiven Einheiten
repeat-uniteinzelnes Repeat (repetitive Einheit)
rep-originReplikationsursprung; Startpunkt der Duplikation der Nucleinsäure, durch die zwei identische Kopien entstehen
rRNAreife ribosomale RNA; RNA-Komplex des Ribonucleoprotein-Partikels (Ribosom), der Aminosäuren zu Proteinen zusammenfügt
S-regionSwitch-Region der schweren Immunglobulinketten; beteiligt am Umbau der DNA von schweren Ketten, der zur Expression einer anderen Immunglobulin-Klasse aus derselben B-Zelle führt
satelliteviele tandemartig hintereinander geschaltete (identische oder verwandte) Repeats einer kurzen grundlegenden repetitiven Einheit; viele davon unterscheiden sich in der Basenzusammensetzung oder einer anderen Eigenschaft vom Genomdurchschnitt und können so von der Hauptmasse der genomischen DNA abgetrennt werden
scRNAkleine cytoplasmische RNA; eines von mehreren kleinen cytoplasmischen RNA-Molekülen im Cytoplasma und (manchmal) im Zellkern eines Eukaryonten
sig-peptidefür ein Signalpeptid codierende Sequenz; Sequenz, die für eine N-terminale Domäne eines sekretorischen Proteins codiert; diese Domäne spielt bei der Anheftung des nascierenden Polypeptids an die Membran eine Rolle; Leader-Sequenz
snRNAkleine Kern-RNA; eine der vielen kleinen RNA-Formen, die nur im Zellkern vorkommen; einige der snRNAs spielen beim Spleißen oder bei anderen RNA-verarbeitenden Reaktionen eine Rolle
sourcebezeichnet die biologische Herkunft des genannten Sequenzabschnitts; die Angabe dieses Schlüssel ist obligatorisch; jeder Eintrag muss mindestens einen Herkunftsschlüssel aufweisen, der die gesamte Sequenz umfasst; es dürfen zu jeder Sequenz auch mehrere Herkunftsschlüssel angegeben werden
stem-loopHaarnadelschleife; eine Doppelhelix-Region, die durch Basenpaarung zwischen benachbarten (invertierten) komplementären Sequenzen in einem RNA- oder DNA-Einzelstrang entsteht
STSSequence Tagged Site; kurze, nur als Einzelkopie vorkommende DNA-Sequenz, die einen Kartierungspunkt auf dem Genom bezeichnet und durch PCR ermittelt werden kann; eine Region auf dem Genom kann durch Bestimmung der Reihenfolge der STSs kartiert werden
TATA-signalTATA-Box; Goldberg-Hogness-Box; ein konserviertes AT-reiches Septamer, das sich rund 25 Basenpaare vor dem Startpunkt jeder eukaryontischen RNA-Polymerase-II-Transkriptionseinheit befindet und bei der Positionierung des Enzyms für eine korrekte Initiation eine Rolle spielen kann; Konsensussequenz = TATA (A oder T) A (A oder T)
terminatorDNA-Sequenz, die entweder am Ende des Transkripts oder neben einer Promotor-Region liegt und bewirkt, dass die RNA-Polymerase die Transkription beendet; kann auch die Bindungsstelle eines Repressor-Proteins sein
transit-peptidefür Transitpeptid codierende Sequenz; Sequenz, die für eine N-terminale Domäne eines im Zellkern codieren Organellen-Proteins codiert; diese Domäne ist an der posttranslationalen Einschleusung des Proteins in die Organelle beteiligt
tRNAreife transfer-RNA, ein kleines RNA-Molekül (75 - 85 Basen lang), das die Translation einer Nucleinsäure-Sequenz in eine Aminosäure-Sequenz vermittelt
unsureder Autor kennt die Sequenz in dieser Region nicht genau
V-regionvariable Region der leichten und schweren Immunglobulinketten sowie der Alpha-, Beta- und Gamma-Ketten von T-Zell-Rezeptoren; codiert für das variable Aminoende; kann aus V-, D-, N- und J-Abschnitten bestehen
V-segmentvariabler Abschnitt der leichten und schweren Immunglobulinketten sowie der Alpha-, Beta- und Gamma-Ketten von T-Zell-Rezeptoren; codiert für den Großteil der variablen Region (V-region) und die letzten Aminosäuren des Leader-Peptids
Variationein verwandter Stamm enthält stabile Mutationen desselben Gens (z. B. RFLP(tief)s) Polymorphismen usw.), die sich an dieser (und möglicherweise auch an anderer) Stelle von der vorliegenden Sequenz unterscheiden
3'clip3'-äußerste Region eines Precursor-Transkripts, die bei der Prozessierung abgeschnitten wird
3'UTRRegion am 3'-Ende eines reifen Transkripts (nach dem Stopcodon), die nicht in ein Protein translatiert wird
5'clip5'-äußerste Region eines Precursor-Transkripts, die bei der Prozessierung abgeschnitten wird
5'UTRRegion am 5'-Ende eines reifen Transkripts (vor dem Initiationscodon), die nicht in ein Protein translatiert wird
-10-signalPribnow-Box; konservierte Region rund 10 Basenpaare stromaufwärts vom Startpunkt der bakteriellen Transkriptionseinheiten, die bei der Bindung der RNA-Polymerase eine Rolle spielt; Konsensussequenz = TAtAaT
-35-signalkonserviertes Hexamer rund 35 Basenpaare stromaufwärts vom Startpunkt der bakteriellen Transkriptionseinheiten; Konsensussequenz = TTGACa oder TGTTGACA
Tabelle 6
Liste der Merkmalschlüssel zu Proteinsequenzen
SchlüsselBeschreibung
CONFLICTin den einzelnen Unterlagen ist von verschiedenen Sequenzen die Rede
VARIANTden Angaben der Autoren zufolge gibt es Sequenzvarianten
VARSPLICBeschreibung von Sequenzvarianten, die durch alternatives Spleißen entstanden sind
MUTAGENexperimentell veränderte Stelle
MOD-RESposttranslationale Modifikation eines Rests
ACETYLATIONN-terminale oder sonstige
AMIDATIONin der Regel am C-Terminus eines reifen aktiven Peptids
BLOCKEDunbestimmte Gruppe, die das N- oder C-terminale Ende blockiert
FORMYLATIONdes N-terminalen Methionin
GAMMA-CARBOXY-GLUTAMIC ACID HYDROXYLATIONvon Asparagin, Asparaginsäure, Prolin oder Lysin
Methylationin der Regel von Lysin oder Arginin
PHOSPORYLATIONvon Serin, Threonin, Tyrosin, Asparaginsäure oder Histidin
PYRROLIDONE CARBOXYLIC ACIDN-terminales Glutamat, das ein internes cyclisches Lactam gebildet hat
SULFATATIONin der Regel von Tyrosin
LIPIDkovalente Bindung eines Lipidanteils
MYRISTATEMyristat-Gruppe, die durch eine Amidbindung an den N-terminalen Glycin-Rest der reifen Form eines Proteins oder an einen internen Lysin-Rest gebunden ist
PALMITATEPalmitat-Gruppe, die durch eine Thioetherbindung an einen Cystein-Rest oder durch eine Esterbindung an einen Serin- oder Threonin-Rest gebunden ist
FARNESYLFarnesyl-Gruppe, die durch eine Thioetherbindung an einen Cystein-Rest gebunden ist
GERANYL-GERANYLGeranyl-geranyl-Gruppe, die durch eine Thioetherbindung an einen Cystein-Rest gebunden ist
GPI-ANCHORGlykosyl-phosphatidylinositol-(GPI-)Gruppe, die an die alpha-Carboxylgruppe des C-terminalen Rests der reifen Form eines Proteins gebunden ist
N-ACYL DIGLYCERIDEN-terminales Cystein der reifen Form eines prokaryontischen Lipoproteins mit einer amidgebundenen Fettsäure und einer Glyceryl-Gruppe, an die durch Esterbindungen zwei Fettsäuren gebunden sind
DISULFIDDisulfidbindung; den "VON"- und den "BIS"-Endpunkt bilden die beiden Reste, die durch eine ketteninterne Disulfidbindung verbunden sind; sind der "VON"- und der "BIS"-Endpunkt identisch, ist die Disulfidbindung kettenübergreifend, und die Art der Quervernetzung ist im Beschreibungsfeld anzugeben
THIOLESTThiolesterbindung; den "VON"- und den "BIS"-Endpunkt bilden die beiden Reste, die durch die Thiolesterbindung verbunden sind
THIOETHThioetherbindung; den "VON"- und den "BIS"-Endpunkt bilden die beiden Reste, die durch die Thioetherbindung verbunden sind
CARBOHYDGlykosylierungs-Stelle; die Art des Kohlenhydrats (sofern bekannt) ist im Beschreibungsfeld anzugeben
METALBindungsstelle für ein Metallion; die Art des Metalls ist im Beschreibungsfeld anzugeben
BINDINGBindungsstelle für eine beliebige chemische Gruppe (Coenzym, prosthetische Gruppe usw.); die Art der Gruppe ist im Beschreibungsfeld anzugeben
SIGNALBereich einer Signalsequenz (Präpeptid)
TRANSITBereich eines Transit-Peptids (mitochondriales, chloroplastidäres oder für Microbodies)
PROPEPBereich eines Propeptids
CHAINBereich einer Polypeptid-Kette im reifen Protein
PEPTIDEBereich eines freigesetzten aktiven Peptids
DOMAINBereich einer wichtigen Domäne auf der Sequenz; die Art dieser Domäne ist im Beschreibungsfeld anzugeben
CA-BINDBereich einer Calcium-bindenden Region
DNA-BINDBereich einer DNA-bindenden Region
NP-BINDBereich einer Nucleotidphosphat-bindende Region; die Art des Nucleotidphosphats ist im Beschreibungsfeld anzugeben
TRANSMEMBereich einer Transmembran-Region
ZN-FINGBereich einer Zink-Finger-Region
SIMILARGrad der Ähnlichkeit mit einer anderen Proteinsequenz; im Beschreibungsfeld sind genaue Angaben über diese Sequenz zu machen
REPEATBereich einer internen Sequenzwiederholung
HELIXSekundärstruktur: Helices, z. B. Alpha-Helix, 3(10)-Helix oder Pi-Helix
STRANDSekundärstruktur: Beta-Strang, z. B. durch Wasserstoff-Brückenbindungen stabilisierter Beta-Strang, oder Rest in einer isolierten Beta-Brücke
TURNSekundärstruktur: Schleife, z. B. durch Wasserstoff-Brückenbindungen stabilisierte Schleife (3-, 4- oder 5-Schleife)
ACT-SITEAminosäure(n), die bei der Aktivität eines Enzyms mitwirkt (mitwirken)
SITEirgendeine andere wichtige Stelle auf der Sequenz
INIT-METdie Sequenz beginnt bekanntermaßen mit einem Start-Methionin
NON-TERder Rest am Sequenzanfang oder -ende ist nicht der Terminalrest; steht er an der Position 1, so bedeutet das, dass diese nicht der N-Terminus des vollständigen Moleküls ist; steht er an letzter Position, so ist diese Position nicht der C-Terminus des vollständigen Moleküls; für diesen Schlüssel gibt es kein Beschreibungsfeld
NON-CONSnicht aufeinander folgende Reste; zeigt an, dass zwei Reste in einer Sequenz nicht aufeinander folgen, sondern dass zwischen ihnen einige nichtsequenzierte Reste liegen
UNSUREUnsicherheiten in der Sequenz; mit diesem Schlüssel werden Regionen einer Sequenz beschrieben, bei der sich der Autor bezüglich der Sequenzzuweisung nicht sicher ist
Beispiel:
<110>Smith, John; Smithgene Inc.
<120>Beispiel für ein Sequenzprotokoll
<130>01-00001
<140>PCT/EP98/00001
<141>1998-12-31
<150>US 08/999,999
<151>1997-10-15
<160>4
<170>Patentin Version 2.0
<210>1
<211>389
<212>DNA
<213>Paramecium sp.
<220> 
<221>CDS
<222>(279) ... (389)
<300> 
<301>Doe, Richard
<302>Isolation and Characterization of a Gene Encoding a Protease from Paramecium sp.
<303>Journal of Genes
<304>1
<305>4
<306>1-7
<307>1988-06-31
<308>123456
<309>1988-06-31
<400>1
agctgtagtc attcctgtgt cctcttctct ctgggcttct caccctgcta atcagatctc60
agggagagtg tcttgaccct cctctgcctt tgcagcttca caggcaggca ggcaggcagc120
tgatgtggca attgctggca gtgccacagg cttttcagcc aggcttaggg tgggttccgc180
cgcggcgcgg cggcccctct cgcgctcctc tcgcgcctct ctctcgctct cctctcgctc240
ggacctgatt aggtgagcag gaggaggggg cagttagc atg gtt tca atg ttc agc296
          MetValSerMetPheSer 
          1   5  
ttgtctttcaaatggcctggattttgtttgtttgtttgtttgttccaa344
LeuSerPheLysTrpProGlyPheCysLeuPheValCysLeuPheGln 
   10    15    20   
tgtcccaaagtcctcccctgtcactcatcactgcagccgaatctt 389
CysProLysValLeuProCysHisSerSerLeuGlnProAsnLeu  
  25    30    35